কাঠালিয়া উপজেলার নদীগুলির মধ্যে উল্লেখযোগ্য হল-

• বিষখালী নদী এ উপজেলার প্রধান নদী বিষখালী নদী। এটা পদ্ধা নদীর একটি শাখা ইছামতি নদী হতে উৎপত্তি হয়েছে।পদ্মা নদী গোয়ালন্দ ঘাট হতে প্রায় ৫২ কি.মি. দক্ষিণ-পূর্বে দ্বি ধারায় বিভক্ত হয়েছে। এর একটি ধারা ইছামতি নদী নাম নিয়ে ফরিদপুর, মাদারীপুর জেলার উপর দিয়ে প্রবাহিত হয়ে বরিশাল জেলার উত্তর-পূর্বে তেতুলিয়া নদীতে পড়েছে। বরিশাল শহরের ৫ কিমি উত্তরে এটা কীর্তনখোলা নদী ধারণ করে নলছিটি উপজেলায় নলছিটি নদী নামে পরিবর্তিত হয়ে ঝালকাঠী সদর উপজেলায় সুগন্ধা নদী নাম ধারণ করেছে। ঝালকাঠী শহরে প্রবেশের পর এটা বিষখালী নাম ধারণ করেছে। মধুমতী ও কটকা নদী হতে যথাক্রমে কৈখালী ও গাবগান খাল দিয়ে এ নদীতে পানি এসে পড়েছে। বিষখালী নদী এরপর ঝালকাঠী জেলা ও বরগুনা জেলাকে ভাগ করে বামনা ও পাথরঘাটা উপজেলা দিয়ে বঙ্গোপসাগরে পতিত হয়েছে। বিষখালী নদী রাজাপুর উপজেলার পূর্ব দিক দিয়ে প্রবাহিত হয়ে কাঠালিয়া উপজেলার আওরাবুনিয়া ইউনিয়নের জাঙ্গালিয়া হতে আমুয়া ইউনিয়ন পর্যন্ত  প্রায় ৩২ কিমি পূর্ব-দক্ষিণ  দিকে  প্রবাহিত হয়েছে। এ অংশে নদীর অপরপাড়ে বরগুনা জেলার বেতাগী ও বামনা উপজেলা অবস্থিত। এ নদীর দৈর্ঘ্য প্রায় ৯৬ কিমি, গড় প্রশস্ততা ১ হতে ২ কিমি। গড় গভীরতা ১৬ মিটার। বঙ্গোপসাগরের স্রোতধারায় এ নদী বেশ প্রভাবিত হয়। ফলে এ নদীর  তীরবর্তী এলাকাগুলো ব্যপক ভাঙ্গনের সমুখ্খীন হয়। এ নদীতে বেশ কিছু চরও দেখা যায়।
• সুগন্ধা নদী