কালিয়া উপজেলার মধ্য দিয়ে বয়ে গেছে নবগঙ্গা নদী; যা কালিয়া - খুলনা জল যোগাযোগ মাধ্যম। খুলনা হতে এই পথেই বাণিজ্যিক পণ্য পরবিহন করা হয়। কালিয়া উপজেলার মধ্য দিয়ে বয়ে গেছে চিত্রা নদী; যা কালিয়া - নড়াইল জল যোগাযোগ মাধ্যম। কালিয়া উপজেলার এত পার্শ্ব দিয়ে বয়ে গেছে মধুমতি নদী; যা কালিয়া - গোপালগঞ্জ জল যোগাযোগ মাধ্যম। কালিয়া উপজেলার আরো একটি নদীর নাম হল আঠারোবাঁকি।