বিভাগীয় শহর, উন্নত যোগাযোগ ব্যবস্থা ও কাঁচামালের বিপুল সমারোহকে কেন্দ্র করে খুলনায় বড় রসের চিনি শিল্পের জন্য বিখ্যাত ছিল। ব্রিটিশ অধ্যায়ে এর অবসান ঘটে। তবে ১৯৫০-এর পরবর্তীকালে জেলায় শিল্প বিস্তার ঘটতে শুরু করে। ১৯৫০ -১৯৭০-এর দশকে বড় মাপের কিছু শিল্প কারখানা গড়ে উঠে।
কারখানা, স্টীল মিল, বৈদ্যুতিক তার কারখানা, চাল ও ময়দার কারখানা, বরফকল, প্রেস, কাঠের কারখানা ইত্যাদি। পরবর্তীতে ঔষধ তৈরীর কারখানাও গড়ে ওঠে। এছাড়া ১৯৬৩ সালে এখানে প্রথম কোল্ড স্টোরেজ বা মাছ প্রক্রিয়াজাতকরণ কারখানা স্থাপিত হয়। মূলতঃ বহুসংখ্যক শিল্প কল-কারখানার উপস্থিতি একে নগর পরিচিতি এনে দেয়। অকৃষি খাতে জনগণের অংশগ্রহণ কম। খুলনার শিল্প এলাকা বলতে শিরোমনি, খালিশপুর, বয়রা ও রূপসা-ই প্রধান। আর খুলনা জেলার দৌলতপুর, ফুলতলা, আলাইপুর, কপিলমুনি ও ডুমুরিয়া উল্লেখযোগ্য বাণিজ্য কেন্দ্র।

উল্লেখযোগ্য শিল্প-কারখানার মধ্যে রয়েছে পেপার মিল, হার্ডবোর্ড মিল, টেক্সটাইল মিল, দিয়শলাই বড় কল-কারখানা গড়ে উঠেছে, যা একে শিল্প নগরীর মর্যাদা দিয়েছে। এখানে ১৯৬১-১৯৭৪ সালের মধ্যে ব্যাপক শিল্প প্রসার ঘটে। খুলনা জেলা মোঘল আমলে লবণ তৈরী ও খেজুর

জেলার মোট ২.৭% গ্রামীণ গৃহস্থালির ক্ষুদ্র শিল্প কারখানা রয়েছে (কৃষি শুমারি ১৯৯৬ )। ক্ষুদ্র শিল্প কারখানার মধ্যে তাঁতী, বাঁশের কাজ, কামার, কুমার প্রধান। ক্ষুদ্র ও কুটির শিল্প বিকাশের একটি অন্যতম উদাহরণ হল শিরোমণি এলাকার শিল্পনগরী যেটি ৪২ একর জমির উপর গড়ে উঠেছে। ২৩৪ টি প্লটে বিভিন্ন শিল্প উদ্যোক্তারা তাদের সংগঠন করে তুলেছে। নগরকেন্দ্রিক সুযোগ-সুবিধা যেমন, পাকা রাস্তা, বিদ্যৎ, পানি ও পয়ঃসুবিধা, ডাকঘর, ব্যাংক এ সবই রয়েছে এই শিল্পনগরীতে। এ ছাড়াও জেলায় মোট ৩,৪০৯ টি চিংড়ি ঘের, ৪৯৮ টি দুগ্ধজাত খামার আছে।

এছাড়াও ১৯৯৯ থেকে ২০০০ সালের মধ্যে জেলার দাকোপ উপজেলার মোট ৩ টি, পাইকগাছায় ২০০১ সালে ১ টি হ্যাচারি স্থাপিত হয়েছে। মৎস্য অধিদফতরের (২০০৩) তথ্য অনুযায় জেলায় মোট ৪টি মৎস্য সেবাকেন্দ্র রয়েছে।

এক সময় খুলনায় লবণ উৎপাদিত হতো। সেই সময় সুন্দরবন এলাকা থেকে লবণাক্ত মাটি সংগ্রহ করে পাতন প্রক্রিয়ায় লবণের দ্রবণ সংগ্রহ করে জ্বাল দিয়ে লবণ তৈরী হতো। ইতোপূর্বে বিসিক খুলনার দাকোপ ও কয়রা উপজেলায় পরীক্ষামূলক লবণ উৎপাদন ও প্রদর্শনী কেন্দ্র চালু করে এবং সৌর পদ্ধতিতে চাতালে লবণ উৎপাদনের উপর হাতে-কলমে শিক্ষার ব্যবস্থা করা হয়। বর্তমানে খুলনা-সাতক্ষীরা অঞ্চলে লবণ উৎপাদন এতে স্থানীয় জনসাধারণের অংশগ্রহণ নিশ্চিত করতে বিসিক ’’খুলনা-সাতক্ষীরা লবণ শিল্পের উন্নয়ন প্রকল্প’’ টি হাতে নিয়েছে। ইতিমধ্যে এই প্রকল্পের আওতায় জমি লিজ বা বন্দোবস্ত, লবণ চাষী ও ব্যবসায়ীদের প্রশিক্ষণ, নমুনা মাঠ তৈরীর কাজ শেষ হয়েছে।