১. পদ্মা-গঙ্গা নদী ভারতের মধ্য দিয়ে প্রবাহিত হয়ে চাঁপাইনবাবগঞ্জের শিবগঞ্জ উপজেলার পাশ দিয়ে পদ্মা নাম ধারণ করে বাংলাদেশে প্রবেশ করেছে। উজানে ফারাক্কা বাঁধ নির্মিত হওয়ার পর থেকে পদ্মায় পানি প্রবাহ কমতে থাকে এবং বিশাল চর জেগে উঠতে থাকে। বর্তমানে পদ্মা তার পূর্বেকার রূপটি হারিয়ে ফেললেও প্রতিবছর বর্ষাকালে সে প্রলয়ঙ্কারী রূপ ধারণ করে।

২. মহানন্দাঃ জেলার ভোলাহাট উপজেলার মধ্য দিয়ে বাংলাদেশে প্রবেশ করে মহানন্দা নদী রাজশাহীর গোদাগাড়ী উপজেলায় পদ্মার সঙ্গে মিলিত হয়েছে। চাঁপাইনবাবগঞ্জ জেলা শহরটি মহানন্দা নদীর তীরে অবস্থিত।

৩. পাগলাঃ ভারত থেকে আসা পাগলা নদী শিবগঞ্জ উপজেলার তত্তীপুরে মরাগঙ্গার সাথে মিলিত হয়ে কিছুদূর এগিয়ে মহানন্দায় পড়েছে।

৪. পুনর্ভবাঃ দিনাজপুর থেকে নওগাঁ জেলা হয়ে পুনর্ভবা নদী চাঁপাইনবাবগঞ্জের গোমস্তাপুর উপজেলার মধ্য দিয়ে প্রবাহিত হয়েছে।

৫. বিল ও জলাভূমিঃ নদ-নদীর পাশাপাশি এ জেলায় রয়েছে বিলভাতিয়া, বিল চুড়ইল, বিল সিংড়া, বিল হোগলা, বিল পুটিমারি, বিল আনইল এবং বিল মরিচাদহ ও বিল কুমিরাদহ এর মত অসংখ্য বিল ও জলাভূমি।