নড়াইল সদর উপজেলার ভিতর দিয়ে চিত্রা, নবগঙগা, এবং আফরা নামে ৩ টি প্রধান নদী প্রবাহিত হয়েছে যার মোট আয়তন ৪৩৩.৫৯ হেকটর । নদীগুলোর গতিপথ নিম্নে সংক্ষেপে দেয়া হলো:

চিত্রা নদী: এটি সিংগাশোলপুর,কলোড়া,ভদ্রবিলা,আউড়িয়া,পৌরসভা,শাহাবাদএবংমাইজপাড়া ইউনিয়নের মধ্য দিয়ে প্রবাহিত হয়েছে ।

আফরা বা কাজলা নদী: আফরা নদী শেখহাটী, কলোড়া,মুলিয়া,তুলারামপুর এবংমাইজপাড়া ইউনিয়নের মধ্য দিয়ে প্রবাহিত হয়েছে। এই নদী ভৈরব নদীর সাথে মিলিত হয়ে আফরা এবং চিত্রা নদীরসাথে মিলিত হয়ে কাজলা নামে প্রবাহিত হয় ।

নবগঙগা নদী : এটি চন্ডীবরপুর এবং হবখালী ইউনিয়নের পাশ দিয়ে প্রবাহিত হয়েছে ।