ব্রিটিশ শাসনামলে প্রশাসনিক কাজের সুবিধার জন্য ১৮৭১ সনে পটুয়াখালী মহকুমা সৃষ্টি হয়। তখন এ মহকুমায় পটুয়াখালী, মির্জাগঞ্জ, গুলিশাখালী, বাউফল ও গলাচিপাসহ মোট ৫টি থানা ছিল। বামনা ও পাথরঘাটা ছিল মঠবাড়ীয়া থানাধীন। এ সময় বরগুনা ছিল গুলিসাখালী থানাধীন। পরে ঐ শতাব্দীর শেষ দিকে প্রশাসনিক সুবিধার জন্য বামনা, পাথরঘাটা, বরগুনা, বেতাগী ও খেপুপাড়া থানার সৃষ্টি হয়। থানা হিসাবে নামকরণের মাধ্যমে প্রথমবার মানচিত্রে বরগুনার নাম স্থান পায়।

চতুর্দশ শতাব্দীতে সমগ্র দক্ষিণাঞ্চল ছিল বাকেরগঞ্জের অধীন। আঠারো শতকের মধ্যভাগে পূর্ব বাংলার আলোচিত ব্যক্তি ছিলেন আগাবাকের খান। তার জমিদারি ছিল বাকলা চন্দ্রদ্বীপে। পটুয়াখালী ও বরিশালকে বলা হতো বাকলা চন্দ্রদ্বীপ। শাসনকার্য পরিচালনার জন্য ব্রিটিশ সরকার ১৭৯৭ সনে ৭ নং রেজুলেশন অনুসারে আগাবাকের খানের নামনুসারে বাকেরগঞ্জ জেলার সৃষ্টি করেন। শান্তি শৃঙ্খলা রক্ষার জন্য এবং জলদস্যুদের আক্রমণ প্রতিহত করার জন্য উনিশ শতকের প্রথম দিকে বিশখালী নদীর তীরে ফুলঝুড়িতে একটা অস্থায়ী পুলিশ ফাঁড়ি নির্মাণ করা হয়। পরবর্তীকালে বঙ্গোপসাগরে চর পড়তে থাকে এবং সুন্দরবন অঞ্চল আবাদ শুরু হওয়ায় বিরাট জনপদের সৃষ্টি হয়।

বিংশ শতাব্দীর শুরুর দিকে মঠবাড়িয়া-বামনা-বেতাগী এলাকার কিছু লোকজন এখানে এসে সুন্দরী গাছের বাগান কেটে বসবাস শুরু করে। এরপর ব্রিটিশ সরকার ১৯১০ সালে এলাকার জায়গা জমির উপর নামজারী করে। ১৯১৩ সনে ক্ষুদবার বন্যায় এসব এলাকার বসতিদের ভাসিয়ে নিয়ে যায়। পরবর্তীকালে ১৯২৬ সনে ব্রিটিশ সরকার ঢাকা এবং ফরিদপুর থেকে ব্যবসায়ীদের এনে পাথরঘাটা বাজারে ব্যবসা প্রতিষ্ঠান তৈরী করেন। উল্লেখযোগ্য ব্যবসা প্রতিষ্ঠানের মধ্যে ছিল দর্জি ও মিষ্টির দোকান। ১৯৪৭ সনের পর যখন ইংরেজ শাসন আমলের পরিসমাপ্তি ঘটে তখন থেকে পটুয়াখালী সাব ডিভিশনের বাকেরগঞ্জ মহাকুমার আওতায় এ এলাকার শাসনভার চলে। পরে ১৯৭১ এর স্বাধীনতার পর এলাকার কিছু কিছু রাস্তাঘাটের উন্নয়ন সাধিত হলেও ১৯৮৫ সালে যখন এরশাদ সরকার উপজেলা পদ্ধতি প্রবর্তন করেন তখন থেকেই এ এলাকার সড়ক যোগাযোগের সূত্রপাত ঘটে। তৎপূর্বে এলাকার যোগাযোগ ব্যবস্থার একমাত্র মাধ্যম ছিল নৌ-পথের পানসী নৌকা।

এক কালের সুন্দরবনের বনাঞ্চলের বরগুনা ক্রমান্বয়ে ঘনবসতিপূর্ণ স্থানে পরিণত হয়। এ এলাকাতে রাজনৈতিক, সামাজিক ও সাংস্কৃতিক তৎপরতা শুরু হয়। শাসন কার্যের সুবিধা, আয়তন ও লোক সংখ্যা বৃদ্ধি পাওয়ায় ১৯৬৯ সনে পটুয়াখালী জেলা সৃষ্টির সাথে মহকুমা শহর হিসাবে বরগুনা ইতিহাসের পাতায় স্থান পায়। ১৯১৫ সালে পাথরঘাটা পিরোজপুর মহকুমার একটি থানা ছিল। পিরোজপুর মহকুমায় তখনকার যে ১০ টি থানার নাম পাওয়া যায় তার মধ্যে একটি ছিল পাথরঘাটা। কলাপাড়া, আমতলী, বরগুনা, বেতাগী এবং পিরোজপুর মহকুমার পাথরঘাটা এবং বামনা থানা নিয়ে বরগুনা মহকুমা গঠিত হয়। পরবর্তীকালে সময়ের প্রয়োজনে ১৯৮৪ সালে ২৮ ফেব্রুয়ারি বরগুনা মহকুমাকে জেলায় উন্নীত করা হয়। ১৯৮৩ সালের ২৪শে মার্চ পাথরঘাটা উপজেলায় উন্নীত হয়। এলাকার আদিবাসীরা বসতি স্থাপনের প্রাক্কালে বড় বড় গাছ কেটে বসত-বাড়ি তৈরী করেছিল। সেসব গাছের গোড়ার অংশ এখনো মাটির নিচে পাওয়া যায়, যা মাটির গভীর থেকে উত্তোলন করে এলাকার লোকজন জ্বালানী কাঠের চাহিদা মেটায়।