পুঠিয়া রাজবংশের প্রতিষ্ঠা হয়েছিল সম্রাট আকবরের আমলে। বৎসরাচার্য নামে এক ঋষিপুরুষ বাদশাহী সূত্রে লাভ করেন পুঠিয়া রাজ্যের জমিদারি। যিনি পুঠিয়া রাজবংশের আদি রাজা নামে পরিচিত। তারও পূর্বে বরেন্দ্র অঞ্চলের অন্তর্গত এ উপজেলা পুঠিমাড়ীর বিল নামে পরিচিত ছিল মর্মে জানা যায়। এ থেকে এ উপজেলার নাম পুঠিয়া হয়েছে। আবার স্থানীয় এলাকাবাসীর সাথে আলাপে জানা যায় যে, পুঠিয়া রাজাদের এক আশ্রিতা ছিল তার নাম ছিল পুঠিবিবি। তিনি রুপে গুণে বুদ্ধিমতি এবং অতিশয় ধার্মিক ছিলেন। যাহা বলতেন তাহাই ঠিক ঠিক ফলে যেত। নীলকুঠিদের সাথে যুদ্ধে যাওয়ার আগে বলেছিলেন জয় হবে সত্যিই জয় হয়েছিল। তখন পুঠিয়া রাজবংশের রাজাগণ বললেন তুমি কি চাও, যাহা চাইবে তাহাই পাইবে। তখন পুঠিবিবি বলেছিল আমাকে এমন কিছু দেওয়া হোক যা এলাকার মানুষ যুগ যুগ ধরে স্মরণ করবে। তখন পুঠিয়া রাজবংশের রাজাগণ একমত হয়ে তার ইচ্ছা পূরণার্থে তারই নামানুসারে এই এলাকার নাম রাখেন পুঠিয়া। যা পরবর্তীতে পুঠিয়া উপজেলা হিসাবে নামকরণ হয়।

অন্য এক জনশ্রুতিতে আছে যে বর্তমান পুঁঠিয়া রাজ বাড়ি সংলগ্ন এবং পাঁচ আনি খেলার মাঠের পশ্চিমে স্যাম সাগর। এই স্যাম সাগর পুঠিয়া রাজ বাড়ি প্রতিষ্ঠার পূর্বে একটি বিল ছিল। বিলটির নাম ছিল পুঠি মারীর বিল। বিশাল জলাশয়। রাজা পীতম্বর এর সময় পুঁঠিয়া রাজ বাড়ীর সৌর্ন্দয্য বৃদ্ধির জন্য এই জলাশয় কে পুকুরে রুপান্তর করা হয়। যে পুকুর এখন স্যাম সাগর নামে পরিচিত। অনেকের ধারণা এই স্যাম সাগরের পূর্বের নাম পুঠি মারীর বিল থেকেই বর্তমান পুঠিয়া নামের নামকরণ । একটি বিষয় পরিষ্কার যে পুঁঠিয়া নামকরণের কোন ইতিহাস রাজশাহীর প্রাচীন পাবলিক লাইব্রেরি গুলিতে ও পাওয়া যায় নি। রাজশাহী নামকরণ রাজশাহী প্রাচীন ইতিহাসে থাকলেও পুঠিয়া নামকরণের ইতিহাস পুঠিয়ার রাজ বংশের ইতিহাসে নাই। এখন সম্মানিত পাঠক মণ্ডলীই বেছে নিবেন উপরে বর্নিত কোন জনশ্রুতিটি পুঠিয়া নামকরণের জন্য গ্রহণ যোগ্য জনশ্রুতি। পুঠিয়া নাম পূর্ব থেকে জারী না থাকলে পুঠিয়া রাজ বংশের নাম পুঠিয়া রাজ বংশ না হয়ে অন্য নাম হতে পারতো। পুঠিয়া নাম পূর্ব থেকে জারী না থাকলে চর্তুদ্দশ খ্রিষ্টাব্দের শেষ অথবা পঞ্চদশ খ্রিষ্টাব্দের প্রথমেই পুঠিয়া নামে রাজধানী গঠন হত না।