২০০০ সালের ২৪ফেব্রুয়ারির তথ্য মতে আয়তন ও জনসংখ্যার দিক থেকে মুজিবনগর উপজেলা মেহেরপুর জেলায় অবস্থিত সবচেয়ে ছোট উপজেলা। এর নামকরণের সঠিক ইতিহাস জানা নেই। তবে ১৯৭১ সনে মুক্তিযুদ্ধের সময়প্রসিদ্ধ বৈদ্যনাথতলা আম্রকাননে বাংলাদেশের অস্থায়ী সরকারের হেডকোয়াটার্স স্থাপিত হয় এবং ১৭এপ্রিল এস্থলেই অস্থায়ী সরকারের মন্ত্রি পরিষদ শপথ গ্রহণ করে। জাতির জনক বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমানকে অস্থায়ী সরকারের প্রথম রাষ্ট্রপতি ঘোষণা করা হয়। ফলে বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমান এর নামের সাথে মিল রেখে এ স্থানের নামকরণ করা হয় মুজিবনগর।
১৯৪৭ সালে দেশভাগের সময়ে করিমপুর,তেহট্ট ও চাপড়া ভারতে অন্তর্ভুক্ত হয়, শুধুমাত্র গাংনী ও মেহেরপুর সদর নিয়ে মেহেরপুর মহাকুমা গঠিত হয়। ১৯৮৪ সালের ২৪ ফেব্রুয়ারি মেহেরপুর পূর্ণাঙ্গ জেলার মর্যাদা লাভ করেন। ২০০০ সালের ২৪ ফেব্রুয়ারি মেহেরপুর সদর উপজেলা বিভক্ত হয়ে মুজিবনগর উপজেলার সৃষ্টি হয়।
স্বাধীন বাংলাদেশের সূতিকাগার হচ্ছে মেহেরপুরের বৈদ্যনাথতলা। ১৯৭১ সালের ১৭ এপ্রিল এই জায়গার নামকরণ করা হয় 'মুজিবনগর'। বাংলাদেশ সরকারের প্রথম প্রধানমন্ত্রী তাজউদ্দীন আহমদ গর্বের সঙ্গে এই নামকরণ করেছিলেন। তখন সরকারি নথিতে লেটার হেডে লেখা থাকত 'গণপ্রজাতন্ত্রী বাংলাদেশ সরকার, মুজিবনগর'।
মুজিবনগর সরকার (যা গণপ্রজাতন্ত্রী বাংলাদেশ অস্থায়ী সরকার বা প্রবাসী বাংলাদেশ সরকার নামেও পরিচিত) মুক্তিযুদ্ধ চলাকালীন ১৯৭১ সালের ১০ এপ্রিল জনগনের রায়ে নির্বাচিত সদস্যদের নিয়ে গঠন করা হয়। ১৯৭১ সালের ১৭ই এপ্রিল এই সরকারের মন্ত্রিপরিষদের সদস্যরা বৈদ্যনাথতলায় (বর্তমান মুজিবনগর) শপথ গ্রহণ করেন।
১৯৭১ সালের ২৬ মার্চ স্বাধীনতা ঘোষণার পর ১০ এপ্রিল এ সরকার গঠিত হয়। ১৯৭১ সালের ১৭ এপ্রিল মেহেরপুর জেলার বৈদ্যনাথতলা গ্রামে মুজিবনগর সরকার শপথ গ্রহণ করে।