ঝিনাইদহ সদর উপজেলায় ২টি নদী রয়েছে। নদীগুলো হচ্ছে-

• নবগঙ্গা নদী,
• ফটকি নদী,
• বেগবতী নদী ও
• কুমার নদী।

নবগঙ্গা নদী বাংলাদেশের দক্ষিণ-পশ্চিমাঞ্চলের খুলনা, যশোর, চুয়াডাঙ্গা, ঝিনাইদহ, মাগুরা এবং নড়াইল জেলার একটি নদী। নদীটির দৈর্ঘ্য ২১৪ কিলোমিটার,[তথ্যসূত্র প্রয়োজন] গড় প্রস্থ ৮৫ মিটার এবং নদীটির প্রকৃতি সর্পিলাকার। বাংলাদেশ পানি উন্নয়ন বোর্ড বা "পাউবো" কর্তৃক নবগঙ্গা নদীর প্রদত্ত পরিচিতি নম্বর দক্ষিণ-পশ্চিমাঞ্চলের নদী নং ৪৫। এটি মাথাভাঙ্গা নদীর শাখা নদী। মাথাভাঙা থেকে ‘গঙ্গা নবপরূপপ্রাপ্ত হয়েছে’-এই বিবেচনায় এর নামকরণ হয়েছে নবগঙ্গা।

ফটকি নদী বাংলাদেশের দক্ষিণ-পশ্চিমাঞ্চলের মাগুরা ও ঝিনাইদহ জেলার একটি নদী। নদীটির দৈর্ঘ্য ৪৯ কিলোমিটার, গড় প্রস্থ ৩৫ মিটার এবং নদীটির প্রকৃতি সর্পিলাকার। বাংলাদেশ পানি উন্নয়ন বোর্ড বা "পাউবো" কর্তৃক ফটকি নদীর প্রদত্ত পরিচিতি নম্বর দক্ষিণ-পশ্চিমাঞ্চলের নদী নং ৫৫।

বেগবতী নদী বাংলাদেশের দক্ষিণ-পশ্চিমাঞ্চলের ঝিনাইদহ ও মাগুরা জেলার একটি নদী। নদীটির দৈর্ঘ্য ৫৩ কিলোমিটার, গড় প্রস্থ ৩২ মিটার এবং নদীটির প্রকৃতি সর্পিলাকার। বাংলাদেশ পানি উন্নয়ন বোর্ড বা "পাউবো" কর্তৃক বেগবতী নদীর প্রদত্ত পরিচিতি নম্বর দক্ষিণ-পশ্চিমাঞ্চলের নদী নং ৬৩।

কুমার নদী (Kumar River)  চুয়াডাঙ্গা জেলার হাটবোয়ালিয়ায় মাথাভাঙ্গা নদী থেকে উদ্ভূত একটি নদী। জেমস রেনেল ১৭৬৪ সালে তাঁর অঙ্কিত মানচিত্রে এ নদীর উল্লেখ করেছেন। তখন এ নদী বিশেষ কার্যক্ষম ছিল না। বর্ষা মৌসুমে পানিতে পূর্ণ থাকলেও শুকনা মৌসুমে নদীটি শুকিয়ে যেত। আশপাশের বহু বিল থেকে পানি বয়ে আনত বলে এ নদীর পানির রঙ ছিল অনেকটা কালো। ফলে স্থানীয়ভাবে এ নদীকে বলা হতো কালোবিল।